دوران آخر خلافت راشده در اختيار ملا احمد گذاشته شد و وى نيز آن باب را نوشت و به هيئت تقديم كرد و مورد بحث و مباحثه بسيار قرار گرفت . پادشاه به سبب معلومات و اطلاعات وسيع ملا احمد دستور داد كه وى تمام كتاب را بنويسد . اين كتاب به نام تاريخ الفى مشهور شد . ملا احمد فردى راسخ العقيدة ، نترس و جسور بود . در هرگونه صحبت از عقايد خودش آشكارا حمايت مىكرد و در نتيجه شخصى به نام ميرزا فولاد برلاس در لاهور با خنجر به او حمله‌ور شد . اين اتفاق در 22 صفر 996 ه ق پيش آمد . ملا احمد وقتى زخمى شد حكيم حسن او را به خانهء خود برد . اكبر شاه به عبد الرحيم خان‌خانان ، نواب آصف خان ، خداوند خان ، ابو الفضل و حكيم فتح اللّه شيرازى دستور داد كه دربارهء اين حادثه تحقيق كنند . ميرزا فولاد دستگير شد و به قتل رسيد . اما ملا احمد جان به سلامت نبرد و در 25 صفر درگذشت و در گورستان ملا حبيب اللّه واقع در لاهور به خاك سپرده شد و براى نگهدارى قبرش نگهبان گذاشته شد و به ابو الفضل و فيضى دستور داده شد كه از قبر حفاظت كنند ، اما وقتى اكبر شاه به عزم كشمير ، لاهور را ترك كرد ، مخالفان ملا احمد ، جسدش را از قبر بيرون آوردند و سوزاندند و خاكش را در رودخانه راوى ريختند . فيضى به مناسبت قتل ملا احمد مرثيه‌اى بسيار خوب سروده است كه در كليات فيضى جلد اول چاپ لاهور موجود است . تصانيف او عبارتند از : 1 - تاريخ الفى 2 - خلاصة الحياة فى احوال الحكماء ( ناتمام ) 3 - ترجمه معجم البلدان ( ناتمام ) 4 - رساله اخلاق 5 - ترياق فاروق ( طب ) 6 - رساله اسرار معروف . احمد شيخ ، ديوبندى 1315 ه ق / 1897 م در خاتمهء كتاب اسرار الهدى چنين نوشته شده است : « عالم با عمل ، ماهر اكمل ، اسوة الاذكياء ، قدوة الاصفياء الاديب البارع المكرم الحسيب النسب المعظم المحقق النحرير الاوحد الشهير ابلغ علماء الزمان مرحوم حكيم مولوى شيخ احمد بن مولوى وجيه الدّين ديوبندى عثمانى » . « 1 » وى وكيل بود و همچنين عالم و انشاپرداز ، به زبانهاى اردو ، فارسى و عربى تسلط كامل داشت . تشيع را برگزيد و جوابهاى تند براى كتابهاى سنى مىنوشت . وى در بجنور كار مىكرد و

--> ( 1 ) - نام ابتدايى شجره در ديباچهء تاريخ الانبياء ذكر شده است .